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accolade  L3 : Descriptif des UE

 

UE 01 - Biologie moléculaire

Responsables : D. SABERAN-DJONEIDI & S. VRIZ

Génie génétique outils transgenèse/recombinaison. Structure des acides nucléiques et Organisation des génomes. Structure de la chromatine Réplication, Recombinaison et réparation de l’ADN. Transcription (initiation, synthèse et maturation des ARN). Étude des protéines et de leurs interactions. Régulation de la transcription et de la Traduction. Etude d’un modèle de régulation intégrée

 

UE 02 - Génétique des eucaryotes

Responsable : J. SAP

Des concepts élémentaires des cursus de base (criblage, utilité de l’étude fonctionnelle de mutations, analyse de complémentation, interactions génétiques, cartographie, … ), sont revisités, afin de mettre tous les étudiants (qui arrivent de cursus différents) au même niveau. Leur traitement de façon approfondie, illustré par des exemples classiques de la recherche fondamentale au cours des dernières décennies, vise à transmettre la force de l’approche génétique comme fer de lance dans l’exploration de problèmes classiques en biologie et en biomédecine, et comme passerelle vers la dissection des processus moléculaires sous-jacents

 

UE 03 - Génétique des populations

Responsable : xxx

Variabilité génétique dans les populations naturelles, Loi et Equilibre de Hardy-Weinberg pour 1 et 2 locus, déséquilibre gamétique. Conséquence du système de croisement sur la structure génotypique Mise en évidence des forces évolutives : mutation, migration, taille de la population : dérive génétique, sélection à coefficients constants

 

UE 04 - Biostatistiques 3 : traitement et analyse de données univariées et multivariées

Responsable : B. TOUPANCE

Cet enseignement s’insérera dans la continuité des enseignements de Biostatistiques de L1 et L2 dont il consolidera les acquis afin d’aborder de nouvelles notions ou techniques d’analyse biostatistique : Rappels de probabilités et notion de maximum de vraisemblance. Rappels sur les méthodes d’estimations et les tests d’hypothèses. Correction pour tests multiples. Analyse de variance à 1 facteur, 2 facteurs, 2 facteurs avec interaction. Corrélation et régression. Analyse en composantes principales. Introduction aux tests non-paramétriques et aux tests par permutation.

 

UE 05 - Biologie cellulaire expérimentale

Responsables : C. ALCAIDE-LORIDAN & J.M. VERBAVATZ

Cette UE est constituée de cours et de cours/TD hautement interactifs. Les notions abordées sont : techniques de microscopie, signalisation cellulaire, modifications post-traductionnelles des protéines, interactions protéiques, mort cellulaire

 

UE 06 - Anglais scientifique

Responsable : C. CHAMPANHET

Chaque session contient un cours magistral ainsi que des présentations orales de la part des étudiants. Chaque étudiant présente deux fois : une présentation courte sur un concept ou un chercheur, et une présentation plus longue autour d’un papier.

 

UE 07 - Méthodologie

Responsable : A.-L. TODESCHINI

Cours/TD : comment communiquer à l’oral, communiquer à l’écrit. Visites de deux laboratoires de recherche. Analyse d’un article d’un des deux laboratoires visités. Exposé oral et rédaction d’une lettre de motivation pour rejoindre un laboratoire en stage de 3 mois. Travail à la maison : lecture et analyse d’articles reliés aux visites de laboratoire, rédaction d’un résumé sur un article scientifique étudié en TD et préparation d’un exposé de 8 minutes.

 

UE 08 - Séminaire de recherche

Responsables : J. SAP & JM. VERBAVATZ

Ce module vise à familiariser les étudiants de façon active et directe à la communication scientifique, à la dissémination et la discussion des résultats de la recherche. Il est constitué de cours magistraux, de présentations orales par les étudiants et de discussions en groupe s’appuyant sur la lecture de la littérature scientifique. ll vise à développer une vision intégrative de la recherche biomédicale et scientifique, à l’opposé d’un enseignement scolaire organisé en "matières".

 

UE 09 - Génétique approfondie

Responsable : A. PLESSIS

Cours  : 1) dissection génétique d’une voie de régulation. 2) les grands cribles génétiques. TD : Analyse génétique de voies de régulations dans différents systèmes modèles (levure, métazoaires). Objectif  : Approfondir les connaissances de génétique dite formelle à travers des exemples d’analyse génétique réalisés chez différents organismes modèles. Un accent particulier est mis sur les conséquences de la méiose, les cribles génétiques après mutagenèse, la construction et l’utilisation de collections de mutants, les tests d’interaction génétique et leur interprétation ainsi que sur les apports de la génétique inverse.

 

UE 10 - Phylogénie et évolution moléculaire des génomes

Responsables : M. VERVOORT & S. MALINSKY

Seront abordés dans cette UE : (i) la notion d’homologie au niveau moléculaire ; (ii) la réalisation et l’utilisation d’alignements de séquences ; (iii) les modèles d’évolution moléculaire des séquences et leur utilisation ; (iv) l’identification des signatures des pressions de sélection s’exerçant sur les séquences ; (v) la reconstruction d’arbre phylogénétiques et leur interprétation ; (vi) l’évolution des fonctions génétiques. Dans le cadre des TD, les étudiants réaliseront un projet en groupe pour lequel ils seront amenés à utiliser certaines des méthodes abordées en cours et à les appliquer à des données concrètes.

 

UE 11 - Génétique humaine

Responsable : F. FAUCHEREAU

Sont abordés dans cette UE la structure globale du génome humain, les programmes de cartographie physique, génétique et de séquençage du génome humain, l’utilisation des marqueurs génétiques et leur informativité, les technologies de génotypage et séquençage, l’implication des facteurs génétiques et environnementaux dans les caractères héréditaires, les différents modes de transmission, l’analyse de liaison génétique, l’utilisation du Next Generation Sequencing, la notion d’haplotypes. Le programme de L3 aborde essentiellement la transmission de caractères "monogéniques". Les caractères transmis sur un mode multifactoriel sont abordés de façon approfondie en M1. Les concepts sont abordés durant les cours magistraux. Les travaux dirigés permettent d’illustrer les points méthodologiques (modes de transmission, tests statistiques utilisés en génétique,…). En TP les étudiants utilisent des outils informatiques (installés dans les salles informatiques du SCRIPT) afin de réaliser des analyses génétiques pangénomiques. Une analyse d’exomes sera effectuée pendant le TP.

 

UE 12 - Génétique des procaryotes

Responsables : F. BRAUN

(1) Généralités sur les caractéristiques des bactéries. (2) Mutation et réparation de l’ADN. (3) Processus de transfert de matériel génétique (conjugaison, transduction, transformation, cartographie, crible génétique). (4) Adaptation à l’environnement et régulation génique chez les bactéries modèles : E.coli et B.subtilis. (5) Génomique et identification des gènes de virulence : M.tuberculosis, L.monocytogenes. B.anthracis. (6) Régulation de l’expression des gènes de virulence : L.monocytogenes et S.aureus.

 

UE 13 - Organismes modèles

Responsable : S. VRIZ

Plusieurs grands organismes modèles seront étudiés : levure, drosophile, vers Caenorhabditis, souris et Arabidopsis. Pour chacun de ces modèles, l’UE comprend : une présentation de l’organisme ; une description des outils spécifiques développés ; les grandes questions biologiques que cet organisme permet d’étudier.

 

UE 14 - Immunologie génétique

Responsable : A. COUEDEL

Cette UE s’articule autour de cours magistraux complétés par des TD qui permettent un approfondissement des notions vues en cours à travers l’analyse d’articles. Le cours présente les connaissances actuelles sur les effecteurs des réponses immunitaires innées et acquises en s’intéressant plus particulièrement à leurs générations, à leurs modes d’actions et à la dynamique de leurs interactions au cours de la réponse immune normale et pathologique.

 

UE 15 - Travaux Pratiques en biologie moléculaire et bactériologique

Responsable : A. LALOUETTE

Les étudiants effectueront des cartes de restriction de plasmides. Ils seront amenés à pratiquer, entre autres, les techniques suivantes : culture bactérienne, minipréparation d’ADN plasmidique, digestions enzymatiques, gel d’agarose, purification d’ADN, PCR, marquage de sonde, Southern blot.

 

UE 16 - Stage de recherche professionnalisant

Responsable : D. FLAGIELLO

Cet enseignement correspond à un stage dans un laboratoire de recherche, d’une durée de trois mois ou quatre mois. Il s’agit de laboratoire européen (dans le cadre du programme Erasmus) pour les stages de 3 mois. Les stages de 4 mois sont financés par les laboratoires d’accueils, majoritairement en Amérique du Nord (Etats-Unis et Canada)

 

UE 17 - Biologie du développement animal

Responsable : M. VERVOORT

Cet enseignement mettra en évidence quelques questions fondamentales de la biologie du développement animal, les outils techniques et conceptuels permettant d’y répondre et comment ces outils sont mis en œuvre dans l’étude du développement animal. Cet enseignement se fera en lien avec les activités de recherche en biologie du développement menées dans l’UFR Sciences du Vivant et notamment 4 équipes de l’Institut Jacques Monod dont les laboratoires seront visités.

 

UE 18 - Histoire, philosophie et éthique des sciences biomédicales

Responsable : A. NICOGLOU

Histoire et philosophie des sciences biologiques et médicales (conceptions philosophiques du vivant ; histoire de l’embryologie ; histoire de l’évolutionnisme ; rapports évolution/génétique ; rapports évolution/créationnisme) Histoire de la génétique et des pratiques médicales impliquant la génétique (histoire de l’eugénisme ; dépistage et diagnostic prénatals des maladies génétiques ; identification de gènes de vulnérabilité en psychiatrie ) Introduction à l’éthique et à la bioéthique. Enjeux éthiques et sociaux de la recherche et de la médecine génétiques (biologie synthétique et bioéthique ; enjeux éthiques des dépistages et diagnostic prénatals des maladies génétiques et de l’identification de gènes de vulnérabilité en psychiatrie)

 

UE 19 - Introduction aux neurosciences

Responsable : I. CAILLE

Cours  : notions de neuro-anatomie, le neurone et ses propriétés électriques. Système sensoriel : exemple de l’olfaction. Système moteur. Système de récompense. TD : Présentation informelle d’articles par groupes sur le mystère du choix monoalléique d’un récepteur olfactif dans les neurones sensoriels olfactifs

 

UE 20 - Physiologie de la reproduction

Responsable : M.J. QUERQUIN

Le cours s’intéressera aux bases physiologiques et moléculaires des fonctions de reproduction et de la différenciation sexuelle. Les TD se dérouleront sous la forme d’analyse d’articles. Les étudiants exposeront oralement des articles originaux qu’ils auront préalablement étudié et travaillé avec le Maître de séminaire. Les TP permettront de faire une analyse fonctionnelle du contrôle endocrine des fonctions différenciées de la cellule de Leydig adulte

 

UE 21 - Au delà du gène

Responsable : P. KERNER

Un concept important en biologie (comme l’apoptose) sera discuté par des enseignants présentant différents impacts/interactions du concept avec leur discipline (développement, évolution, physiologie, biologie cellulaire, etc.). A l’aide de ce fil directeur, les étudiants se verront confrontés aux diverses manières dont un même phénomène peut être étudié à travers nos disciplines, tout en permettant de développer une vue plus large de la biologie, en établissant des liens entre différents domaines de recherches.

 

UE 22 - Développement chez les plantes

Responsable : C. HARTMANN

Seront abordés : les schémas de sélection, les populations utilisées en amélioration des plantes et cartographie génétique. Les spécificités génomiques et de reproduction des plantes cultivées. Les grands concepts de l’amélioration des plantes (hétérosis et polyploïdie…). Les outils modernes en sélection variétale (génomique, phenomique et initiation à l’étude d’association pan-génomique (GWAS).

 

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Dernière modification, le 5 mars 2019.

 

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